Piattaforma Computazionale (HPC, Cloud)

Servizi

Introduzione

Piattaforma ad elevate prestazioni che consente servizi di server, HPC, storage e cloud a supporto di tutti i gruppi di ricerca UniVR interessati. Storage di circa 750 TByte di spazio ridondato, mentre l’HPC dispone di nodi dotati di memoria e potenza di calcolo adeguati per condurre studi quali ad esempio quelli di dinamica molecolare, ricostruzione di dati genomici su larga scala, analisi proteomica e metabolomica, genomica computazionale, simulazione di sistemi robotici, pattern recognition per bioinformatica, modellazione di segnali multidimensionali per lo studio della microstruttura tissutale e connettività cerebrale, processing di grandi quantità di immagini e modelli 3D ad alta risoluzione,  soluzione numerica di sistemi differenziali (ODEs e PDEs) di grandi dimensioni.

  •     high-performance computing (HPC) a livello locale mediante un’architettura di calcolo modulare, eterogenea (CPU/GPU), ed espandibile nel tempo
  •     sistema centrale di storage ad ampia capienza ed elevata efficienza e sicurezza per la fruibilità e la condivisione rapida di grandi moli di dati internamente a UniVR, espandibile nel tempo
  •     cloud privata per la realizzazione, in autonomia o su richiesta, di macchine e reti virtuali, servizi web e software

HPC - Descrizione

Nasce nel 2017 e nel tempo sono stati aggiunti vari componenti hardware principalmente DELL e CISCO,. Cluster Linux in ambiente Rocky/RedHat, gestito dal sw opensource OpenHPC e Workload manager Slurm.
12 nodi di calcolo di cui 2 con GPU Nvidia dedicata + 4 nodi di prossima acquisizione per sostituire i nodi obsoleti

HPC - Caratteristiche

  •     Totale unità di calcolo con OpenHPC a regime: 512 (256 core dual thread) + 384 (192 core dual thread) di prossima acquisizione per sostituire i nodi obsoleti
  •     Connettività infiniband fra i nodi per il calcolo parallelo multinodo
  •     Storage di 700TB, di cui liberi 390TB (dedicato ai dati oggetto di computazione HPC)
  •     Backup full + incremental a rotazione mensile
  •     Interfaccia da riga di comando
  •     Cartelle condivise via sftp
  •     Possibilità di personalizzare l'ambiente con svariati software (attualmente i pacchetti installati sono circa 200)
  •     Accessibile dalla rete di Ateneo o da remoto tramite VPN

HPC - Applicazioni attuali

  •     Calcolo sequenziale o parallelo su uno o piu' nodi
  •     Dinamica molecolare
  •     Ricostruzione di dati genomici su larga scala
  •     Analisi proteomica e metabolomica
  •     Genomica computazionale
  •     Simulazione di sistemi robotici
  •     Pattern recognition per bioinformatica
  •     Modellazione di segnali multidimensionali per lo studio della microstruttura tissutale e connettività cerebrale
  •     Processing di grandi quantità di immagini e modelli 3D ad alta risoluzione
  •     Soluzione numerica di sistemi differenziali (ODEs e PDEs) di grandi dimensioni
  •     Machine learning
  •     Laboratorio informatico per uso didattico accessibile da remoto

Cloud Openstack - Descrizione

Nasce nel 2018, nel tempo sono stati aggiunti vari componenti hardware principalmente DELL, HPE e CISCO.  Infrastruttura Openstack in ambiente Linux Ubuntu.
11 server di cui: 3 controller, 6 nodi di calcolo con GPU Nvidia dedicata, 2 nodi di calcolo CPU + 4 nodi CPU di prossima acquisizione per aumentare le risorse

Cloud Openstack - Caratteristiche

  •     Totale unità di calcolo: 864 (432 core dual thread) + 336 (168 core dual thread) di prossima acquisizione
  •     Connettività interna in fibra 10Gb
  •     Storage di 62TB (di cui liberi 35TB) + 18TB di prossima acquisizione
  •     Backup settimanale delle macchine virtuali su base mensile + una copia del mese precedente
  •     Accesso alle macchine virtuali con o senza interfaccia grafica
  •     Accesso alla console Openstack su richiesta
  •     Possibilità di aprire porte verso la rete Univr e verso l'esterno (dietro approvazione area Networking)
  •     Possibilità di connettersi via sftp alle cartelle dello storage HPC
  •     Sistemi operativi Linux Ubuntu, Rocky, Windows (licenza da acquistare separatamente)
  •     Accessibile dalla rete di Ateneo o da remoto tramite VPN

Cloud Openstack – Serivizi erogati

  •     Macchine virtuali singole
  •     Pool di risorse su cui creare in autonomia macchine e reti virtuali
  •     Server RStudio  fruibile via web su una macchina virtuale con le seguenti caratteristiche: 20 core, 128GBdi RAM e 1TB di storage
  •     Laboratori virtuali (Virtualab): attualmente sono a disposizione 210 macchine virtuali, analoghe ai pc dei laboratori informatici dell'area scientifica e fruibili dallo studente tramite interfaccia web; 40 macchine hanno a disposizione una vgpu Nvidia

Statistiche e progetti di ricerca

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